转眼间，三年。
这三年中发生了很多事，例如《蜘蛛侠2》、《蚁人》、《银河护卫队》、《奇异博士》、《黑衣人》、《黑豹》等电影的上线，索尼的《暗影之主》也登陆全球，联盟的名头从未衰竭，甚至愈加扩大，让很多本来对这些系列电影无感的人也渐渐开始接触联盟，全球各大视频网站上面到处都有‘补课’的弹幕以及评论。
《暗影之主》讲诉的是忍者的故事，男主角松下智久碰到了重伤的石原里美，他认出了这个跟联盟众人交手的女人，处于好心最后还是收留了她，一夜之后，石原里美醒来，然后悄无声息的离开，男子本来以为事情就这样结束，但后续发生了。
因为石原里美他们的组织帮助本大人导致东京变成这样，一夜之间，石原里美的组织被彻底覆灭，只剩下她还活着，现在整个东京的黑帮以及他们供养的忍者组织都开始搜寻石原里美，松下智久理所当然的就这么被找到了。
就在他快要被带走时，石原里美出现了，她因为无路可去，最后也想挟持松下智久帮他，没想到刚好救了他一命，再然后石原里美在松下智久的帮助下离开了东京，前往她最开始修行的乡下神社，就这样，松下智久正式接触到了超凡的世界。
这里还牵扯出了一个暗影之主的传承问题，说是有一把传说中的忍具，得到它认可的人也会得到它的力量，而这把忍具就在这个神社里。
在男主角刚拿到那把忍具武士刀的时候他们被包围了，敌对忍者们足足有二十多个，在石原里美觉得要完的时候，入魔的主角出现了。
手拿武士刀，瞳孔变的漆黑，身手利落的吓人，一手影分身居然变成了实体，最终团灭了来袭的忍者们，随后男主角陷入昏迷，女主角带着他继续潜逃。
经过这个事以后两人的关系近了一步，石原里美开始给他讲诉忍者之间的情况，在东京存在几个忍者家族，他们被不同的黑帮给供奉着，平时也有斗争，是地下一股隐秘的力量。
这次针对他们两个的主要就是青龙会以及他们背后的山月家族，他们的主要目的就是这一柄武士刀，最终两人决定面对，前往东京，最后甚至干掉了青龙会，成为新的龙头。
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